2006年1月，由武书连领衔的《中国大学评价》课题组发表了2006年中国一流大学名单。

　　《中国大学评价》课题组认为：中国一流大学是中国的顶尖大学，代表中国大学各学科门类最高学术水平。对于应届高中毕业生来说，平时学习成绩优异，希望进入国内最好的大学接受最好的专业教育，将来成为中国社会的精英。可报考中国一流大学最好的专业。

　　《中国大学评价》课题组提出的2006年度中国一流大学的标准与上年相同，即：“1、在中国大学评价中，获得工学前6名、理学、医学、管理学、文学前3名、农学、经济学、法学前2名、历史学、教育学、哲学第1名的大学。2、必须是中国研究型大学。”

　　按照以上标准，2006年中国有15所大学入选中国一流大学，数量与名单都与上年相同，区别在于：北京大学医学从第二名上升到第一名，中国协和医科大学医学由第一名降为第二名;清华大学管理学从第三名上升到第二名，浙江大学管理学由第二名降为第三名;天津大学工学从第六名上升为第五名，华中科技大学工学由第五名降为第六名。

　　在11个学科门类中，北京大学获得理学、医学、文学、法学、哲学五个第一名。北京大学的经济学、历史学也具备获得第一名的师资力量。

　　2006年农学第2名是南京农业大学，但因南农的科研成果总量没有达到研究型大学的标准而没有进入中国一流大学。

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